La amputación traumática, accidental o quirúrgica puede asociarse con diversas complicaciones en el muñón: dolor, trastornos de la sensibilidad, cambios en la temperatura o en el color, intolerancia a la prótesis, sensación fantasma. El corte de tejido nervioso determina la aparición de neuromas que es la forma en que cicatrizan los nervios, son nódulos muy sensibles y dolorosos. En el momento del accidente o de la operación puede resultar irritado y lesionado el sistema nervioso simpático o vegetativo; ésto puede conducir a una distrofia simpática, Sudeck o síndrome doloroso complejo regional. Tras la amputación, el hueso también puede quedar inflamado. Finalmente la cicatrización de los tejidos blandos puede ser causa de dolor y de otros síntomas. Las reoperaciones causan más daño e irritación y pueden tornar irreversible el cuadro de dolor. La mejor forma de abordar estos problemas es mediante terapia neural.
La sensación fantasma suele desaparecer en forma progresiva en unos meses. Es la sensación de que la extremidad amputada aún está o incluso puede sentirse dolor en esa parte inexistente pero que conserva su representación en el cerebro. 2004